| 发布日期：2024-11-06 05:36 点击次数：70 |
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两样本孟德尔立地化专用R包TwoSampleMR，可以和 IEU open GWAS 数据库无缝连系，可通过在线的样貌平直查询数据库资源，并兑现分析、下载等功能。
除此以外，还可以使用腹地数据进行MR分析，是当今用的最多的MR分析R包，只好你作念MR分析，基本上不成能绕过这个包。是以我贯注学习了它的官方文档，整理下共享给人人~
本文目次：
安设
overview
基础使用
敏锐性分析
app开发Steiger标的性考试
1-to-many forest plot
例1
整场比赛，中国队一攻失误17次，而马刺队只有7次。其中杨瀚森和程帅澎分别失误4次，廖三宁和贺希宁各有3次失误。
今年年初，阿兰加盟了中超升班马青岛西海岸。本赛季，他已代表青岛西海岸出场16次，其中13次首发，物联网软件开发公司贡献6个进球和2次助攻。
例2
多变量MR（MVMR）
MR-MoE
整合整个后果
安设remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")overview使用TwoSampleMR进行MR分析主要即是4步：
为领略成分接收顺应的器具变量（必要时进行连锁扞拒衡的过滤）对感兴味的结局索要器具变量斡旋领略成分和结局的数据，使得reference allele保合手一致进行MR分析、敏锐性分析、可视化图片
基础使用平直使用IEU的API，使用在线的样貌查询、分析、索要IEU open GWAS 数据库中的器具变量。这个功能其实是借助ieugwasr兑现的。
最初咱们要接收顺应的领略成分和结局，领略成分我这里选的是BMI（body mass index），结局选的是CHD（冠心病）。也即是我思考虑BMI对冠心病的因果斟酌。
BMI在IEU open GWAS 数据库中的ID是ieu-a-2，CHD的ID是ieu-a-7。
图片
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选好之后，即是用代码查询领略和结局斟酌的SNP。
在索要领略成分斟酌的器具变量时，会自动进行去除连锁扞拒衡的SNP，由于这一步是在线进行的，需要联网，是以这一步对采集有条目，有可能会每每失败，此时咱们也可以下载数据到腹地进行照应（下次再讲），也可以取得相似的后果。
索要结局斟酌的SNP这一步亦然在线进行的，也有可能会失败。
harmonise_data这一步是必须的制作物联网软件开发多少钱，以确保领略和结局的SNP的效应等位基因是相似的。
library(TwoSampleMR)# Registered S3 method overwritten by 'data.table':# method from# print.data.table # TwoSampleMR version 0.5.8 # [>] New: Option to use non-European LD reference panels for clumping etc# [>] Some studies temporarily quarantined to verify effect allele# [>] See news(package='TwoSampleMR') and https://gwas.mrcieu.ac.uk for further details# List available GWASs#ao <- available_outcomes()# 索要领略斟酌的SNPexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2", access_token = NULL)# API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/#save(exposure_dat,file = "./ieu/exposure_data_ieu-a-2.rdata")# 索要结局斟酌的SNPoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7", access_token = NULL)# Extracting data for 79 SNP(s) from 1 GWAS(s)#save(outcome_dat, file = "./ieu/outcome_data_ieu-a-7.rdata")# 斡旋数据dat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)# Harmonising Body mass index
