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今天先容下孟德尔连忙化常用的数据库,这些数据库存储了好多可免费下载使用的GWAS数据,可以便捷行家白嫖,使用这些免费的数据进行孟德尔连忙化分析。有些空洞性的网站的数据是重合的。
ieu open gwas project网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/
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目下最简陋亦然用的最多的一个空洞性的GWAS网站。
该资源网站由布里斯托大学的MRC空洞流行病学部门(Integrative Epidemiology Unit,IEU)开采,东说念主难懂理了超多的GWAS摘抄数据。可用于免费下载、查询、分析等。
该技俩发轫是当作 MR-Base 和 LD Hub 技俩的基础数据库,当今可通过官方API提供给更多的用具使用,比如R、Python等。
TwoSampleMR可奏凯通过官方API查询、下载、分析其中的数据,只好管理了蚁集问题,果然瑕瑜常好用。
该数据库扫数的GWAS摘抄数据都通过VCF局势存储,官方提供了故意的R包用以处理这些数据。若是你的蚁集问题无法管理,那么可以研讨奏凯下载VCF局势的原始文献进行处理,可以得到和在线获取一模一样的收尾。然而这么作念对电脑的内存又有要求。。。
FINNGEN网址:https://www.finngen.fi/en
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FinnGen(Finnish Genetics)研究于 2017 年秋季在芬兰出手,是一项将基因组信息与数字医疗保健数据相鸠合的特有研究。FinnGen研究是一个前所未有的全球研究技俩,代表了此类研究中鸿沟最大的研究之一。该技俩旨在通过基因研究改善东说念主类健康,并最终笃定调治多种疾病的新调治靶点和会诊依次。
Finngen诡计是芬兰学术机构、医疗机构和公司的互助效用。该研究由芬兰国度商务促进局和13家海外制药公司资助:艾伯维、阿斯利康、渤健、勃林格殷格翰、百时好意思施贵宝、罗氏集团成员基因泰克、葛兰素史克、杨森、Maze Therapeutics、默沙东、诺华、辉瑞和赛诺菲。
FINNGEN中的GWAS数据可用于孟德尔连忙化研究中,这些数据都是可以免费下载使用的。而且还在不休更新中,已矣到写这篇著作时(2024.1.3)更新到了第10版(2023.12.18更新)。
appbiobank网址:http://www.nealelab.is/uk-biobank
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Neale实际室的UK Biobank数据库是一个大型、长期的生物医学研究技俩,旨在探讨基因与健康情状之间的关系。这个数据库的瞎想和奉行得到了英国国度医学研究理事会(MRC)等机构的赞助。
UK Biobank技俩网罗了来自50至70岁之间的约50万名英国住户的鄙俚数据,包括基因型、临床测量、窥打听卷、生物样本等。UK-Biobank技俩接纳了长期追踪的瞎想,以便大致追踪参与者的健康和疾病情状,从而更好地矫健基因与疾病之间的关系,以及基因与环境之间的互相作用。
第51分钟,恩佐-费尔南德斯推射,梅西在禁区前沿碰了一下皮球入网。
制约中国青少年足球发展的问题是什么?如何破解中国足球青训的诸多难题?为了寻找答案,记者在北京足球青训领域进行了调研式采访。
在孟德尔连忙化研究中,UK-Biobank的GWAS数据可以用作用具变量,匡助研究者评估特定要素对于疾病或其他生物学特征的因果效应。
目下免费版的uk biobank数据更新到2018年8月,这部分数据可以免费下载使用。若是要赢得更新更多的数据,需要付费。
扫数的官方分析数据的代码都可以奏凯在github找到。
除此除外还有个PAN-UKB:https://pan.ukbb.broadinstitute.org/
这是一个稀奇6个大陆的多东说念主种研究,对7228 个表型进行了多血缘分析,所有这个词进行了 16,131 项全基因组关联研究。
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这些数据亦然可以免费下载使用的。
GWAS Catalog网址:https://www.ebi.ac.uk/gwas/
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该网站由NHGRI(National Human Genome Research Institute)于2008年创立,以应付已发表的全基因组关联研究(GWAS)数目的快速增长。这些研究为研究常见变异对复杂疾病的影响提供了前所未有的契机,然而识别已发表的GWAS数据是很穷困的,若是分别这些数据进行系统的转头,研究东说念主员实质上无法打听这些出书物中包含的宽绰数据。
GWAS目次提供了一个一致的、可搜索的、可视化的和免费提供下载的SNP性状关联数据库,物联网app开发可以很容易地与其他资源集成,并可供天下各地的科学家、临床大夫和其他用户打听。
在该网站中,扫数允洽要求的已发表的GWAS研究都通过文献搜索进行识别,并由使命主说念主员进行评估,然后由他们索取文献中触及的性状、病笃的 SNP 性状关联和样本元数据。筹画是在著作发表后 1-2 个月内证实文献的可用性筹备允洽要求的研究,而且数据每周发布一次。2020年以后还经受了未发布的GWAS数据的提交。
已发布的GWAS数据可通过网站的搜索页面进行搜索检验,也可奏凯下载,还可以通过API调用。GWAS的汇总和据也可通过FTP进行下载。
1000 Genomes Project网址:https://www.internationalgenome.org/
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千东说念主基因组诡计在2008年~2015年时代奉行,创建了最大的东说念主类变异和基因型数据大众目次。跟着技俩的已矣,EMBL-EBI的数据中心赢得了Wellcome Trust的资助,并创建IGSR(International Genome Sample Resource)网站,以确保千东说念主基因组诡计数据的可打听性。
1000G的数据中除了有欧洲东说念主的数据,还有好多亚洲东说念主(包括中国东说念主)的数据。这些数据都可在线查询或者下载使用。
PGC网址:https://pgc.unc.edu/
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PGC(PSYCHIATRIC GENOMICS CONSORTIUM)是有史以来最大的神经病学生物学窥探网站。
官网先容:自2007年以来,PGC一直力图于揭示遗传学在精神疾病中的作用。归根结底,咱们但愿改善那些患有精神疾病的东说念主的活命。神经病学基因组学定约是神经病学史上最具革命性的实际之一。咱们照旧长入了该鸿沟的大部安分容,以便在施展精神疾病的遗传基础方面取得快速进展。咱们有来自36个国度的800+研究东说念主员和>400K受试者。
PGC和底下先容的SSGAC、CTG都所以文献为主进行整理的,颠倒于是它帮你把文献整理好了,你可以奏凯下载使用其中的数据进行MR分析,无用我方再一篇篇的找了。
SSGAC网址:https://www.thessgac.org/
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全称是:Social Science Genetic Association Consortium
SSGAC 于 2011 年 2 月 12 日在波士顿与 CHARGE(基因组流行病学腹黑和病弱研究部队)定约会议共同成立。在研讨会上,来自不同学科的50多名研究东说念主员皆聚一堂,接头成立一个研究定约以研究社会科学效用遗传学的必要性和可行性。
SSGAC成立的一个主要推能源是东说念主们越来越意志到,社会科学中现存的基因发现依次不时无法产生可复制的发现。SSGAC对于解释过程的试点技俩照旧诠释了对社会科学遗传学遴荐替代性、严格的大数据依次的可行性。该定约正在进行和翌日的技俩将连接接纳这种基因发现依次,并力图于将这些发现的倡导整合到医学和社会科学研究中。
CTGLAB网址:https://ctg.cncr.nl/
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CTGlab(Complex Trait Genetics Lab)的研究探索了大脑议论健康和疾病个体各别的遗传和环境原因。该网站整合了来自不同鸿沟(遗传学、神经科学、生物信息学、生物学、机器学习)的学问,使用和开采分析用具来分析和矫健复杂性状的基因组数据,并与神经科学议论起来,以诠释湿实际室实际中的因果关系。
CTGlab 由 Danielle Posthuma 于 2008 年景立,是 VU 和阿姆斯特丹大学医学中心 CNCR 内的一个袖珍研究小组。自 2014 年以来,CTGlab 是 CNCR 和 Amsterdam-UMC 的一个子部门。
除此除外,还有好多的其他的数据库莫得先容到,比如MiBioGen、GTEx,这些数据库是用来作念肠说念菌群MR、药物靶点MR的;
此外还有许多文献中的数据亦然可以使用的,好多文献中还会先容一些不太常见的数据库,等我网罗好了再共享一波~
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